Sekretariat mempunyai tugas membantu Kepala Dinaas dalam penyelenggaraan urusan yang meliputi administrasi umum\, keuangan\, dan program;

Sekretariat menyelenggarakan fungsi :

1. Penyelenggaraan pembinaan pegawai pada lingkup Sekretariat;
2. Penyelenggaraan arahan dan bimbinan kepada pejabat struktural pada lingkup Sekretariat;
3. Penyelenggaraan instruksi pelaksanaan tugas lingkup Sekretariat;
4. Penyelenggaraan penyusunan program lingkup sekretariat dan koordinasi penyusunan program kegiatan Dinas;
5. Penyelenggaraan inventarisasi\, pembinaan\, pengendalian\, pengawasan\, evalusasi\, koordinasi\, advokasi\, dan penegakan sanksi\, terhadap penyusunan\, penyempurnaan\, dan penerapan/pelaksanaan pedoman\, petunjuk pelaksanaan\, petunjuk teknis\, tata laksana\, standar\, Standart Operating Procedure (SOP)\, kebijakan\, regulasi\, perda/ranperda\, norma\, kriteria ataupun ketentuan lainnya dalam penanganan urusan Kesekretariatan;
6. Penyelenggaraan penyusunan\, penyempurnaan dan pengendalian penerapan/pelaksanaan dokumen teknis rincian tugas pokok dan fungsi jabatan struktural dan staf\, serta standar teknis tata hubungan kerja organisasi dan indikator kinerja kesekretariatan;
7. Penyelenggaraan melakukan analisis\, pemetaan\, penelitian\, kajian-kajian dan studi ilmiah manajemen pembangunan dan kebijakan kesehatan terkait dalam penanganan urusan kesektariatan dan pengintegrasian sistem teknologi informasi dalam penanganan urusan kesekretariatan;
8. Penyelenggaraan pembinaan\, koordinasi\, pengawasan\, evaluasi\, dan fasilitas peningkatan kapasitas\, kompetensi dan kemandirian kabupaten/kota dalam penangan urusan kesektariatan;
9. Penyelenggaraan penyusunan perencanaan jangka menengah (Rencana Strategis) dan rencana kerja tahunan (Renja)\, serta koordinasi penyusunan program\, anggaran\, penyediaan data\, informasi dan sinkronisasi perencanaan kabupaten/kota  terhadap perencanaan tingkat provinsi dalam penanganan urusan kesektariatan;
10. Penyelenggaraan koordinasi seluruh kegiatan bidang-bidang Dinas dan Unit Pelaksana Teknis;
11. Penyelenggaraan tugas lain yang diberikan Kepala Dinas\, sesuai bidang tugas dan fungsinya dan pemberian masukan yang perlu kepada Kepala Dinas sesuai bidang tugas dan fungsinya;
12. Penyelenggaraan pelaporan dan pertanggung jawaban atas pelaksanaan tugas dan fungsinya kepada Kepala Dinas\, sesuai standar yang ditetapkan;

 Sekretaris mempunyai uraian tugas :

1. Melaksanakan pengelolahan administarasi umum perkantoran dan rumah tangga dinas\, manajemen organisasi dan hukum/hukum kesehatan;
2. Melaksanakan penatausahaan\, pelembagaan\, pengorganisasian dan penatalaksanaan;
3. Melaksanakan pengelolaan dan pembinaan naskah dinas kersipan\, pertelekomunikasian dan persandian;
4. Melaksanakan penataan dan pemeliharaan perlengkapan kantor\, peralatan dinas dan iventaris rumah tangga dinas;
5. Melaksanakan penyusunan dan penataan standar tata hubungan kerja dan standar mekanisme koordinasi antar unit dinas;
6. Melaksanakan penyusunan bahan rancangan/tata konsep\, dokumentasi peraturan perundang-undangan dan pengelolaan perpustakaan;
7. Menyelenggarakan pengelolaan hubungan kemasyarakatan\, imformasi publik dan perkantoran;
8. Melaksanakan fasilitasi pelayanan umum\, pelayanan minimal\, pengaturan keamanan dan kenyamanan kantor;
9. Melaksakanan pengelolaan tertib administrasi kepegawaian;
10. Melaksanakan pengkoordinasian dan pembinaan jabatan fungsional;
11. Melaksanakan pengelolaan dan pembinaan keuangan dan perbendaharaan;
12. Melaksakan pengelolaan akuntansi\, verifikasi\, ganti rugi dan tindak lanjut laporan hasil pemeriksaan;
13. Melaksanakan pengelolaan sarana dan prasarana perlengkapan dan aset dinas;
14. Melaksakanan pengkoordinasian penyusunan program\, anggaran dan pelaporan dinas;
15. Melaksanakan pengkajian anggaran belanja dan pengendalian administrasi anggaran belanja;
16. Melaksanakan pengkajian\, pemetaan dan evaluasi peruntukkan anggaran belanja dan asset dinas serta melaksanakan penghitungan belanja kesehatan dari seluruh sumber pembiayaan dan seluruh sumber pembiayaan dan dari seluruh sektor terkait kesehatan tingkat provinsi;
17. Melaksanakan koordinasi penyusunan rencana kerja sekretariat\, bidang-bidang dan unit pelaksana teknis dinas;
18. Menyelenggarakan pengkajian dan koordinasi perencanaan program bidang secretariat dan unit  pelaksana teknik dinas;
19. Melaksanakan penyusunan perencanaan tahunan dan perencanaan jangka menengah\, Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (LAKIP)\, Laporan Keterangan Pertanggung Jawaban (LKPJ) dan Laporan Penyelenggaraan Pemerintah Daerah (LPPD) Dinas;
20. Melaksanakan pengkoordinasian pelaporan\, monitoring dan evaluasi kegiatan sekretariat dan bidang-bidang serta unit pelaksana teknis dinas;
21. Melaksanakan koordinasi penyusunan program\, anggaran\, penyediaan data\, informasi dan sinkronasi perencanan Kabupaten/Kota terhadap perencanaan tingkat provinsi;
22. Melaksanakan penelitian dan pengembangan kesehatan yang mendukung perumusan kebijakan provinsi dan melaksanakan Survei Kesehatan Daerah (Surkesda);
23. Melaksanakan pemantauan dan pemanfaatan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK) kesehatan;
24. Melaksanakan penyelenggaraan kerjasama luar negeri dan melaksanakan peningkatan pengawasan dan akuntabilitas;
25. Melaksanakan penyelenggaraan Sistem Informasi Kesehatan;
26. Melaksanakan koordinasi dengan unit kerja terkait\, mengatur rapat-rapat internal dinas dan melaksanakan telaahan staff sebagai bahan pertimbangan pengambilan kebijakan;